Organisasi ini pertama kali didirikan pada tanggal 18 Juni 1988 dengan nama Yayasan Fathul Muin (YFM). Untuk menghindari kesan kultus individu terhadap KH. Fathul Muin Dg. Magading (seorang ulama kharismatik Sulawesi Selatan yang pada masa hidupnya menjadi pembina para pendiri YFM) dan agar dapat menjadi lembaga persatuan umat, pada tanggal 19 Februari 1998 M nama YFM berubah menjadi Yayasan Wahdah Islamiyah (YWI) yang berarti “Persatuan Islam”. Sehubungan dengan adanya rencana untuk mendirikan sebuah perguruan tinggi Islam, YWI berubah menjadi Yayasan Pesantren Wahdah Islamiyah (YPWI) yang dimaksudkan agar dapat juga menaungi lembaga-lembaga pendidikan tingginya.

Perkembangan Dakwah Wahdah Islamiyah yang sangat pesat dirasa tidak memungkinkan lagi lembaga Islam ini untuk bergerak dalam membentuk yayasan, maka dalam Musyawarah YPWI ke-2, tanggal 1 Shafar 1422 H (bertepatan dengan 14 April 2002 M) disepakati mendirikan organisasi kemasyarakatan (ormas) dengan nama yang sama, yaitu Wahdah Islamiyah (WI). Sejak saat itulah, YPWI yang merupakan cikal bakal berdirinya ormas WI disederhanakan fungsinya sebagai lembaga yang mengelola pendidikan formal milik Wahdah Islamiyah.

Organisasi yayasan Pesantren Wahdah Islamiyah cab. Jeneponto